本片是一部历史假想科幻片，1909年著名的伊藤博文暗杀事件由于神秘人物井上源的出现被阻止。紧接着所有的历史都发生了改变，日本不但拥有了中国的东北三省，还和美国结成了盟国，原子弹投在了柏林。日本最终还将朝鲜半岛占为己有，称为日本联盟国朝鲜省。
　　在这个假想的历史中的2009年，整个东亚地区已成为了日本帝国的领土，而汉城则成为了日本帝国的第三个最重要城市。韩国裔的“日本人”坂本是一名极为忠心的日本调查局（简称JBI）的特务。而坂本需要面对的最大对手是一个名叫“朝鲜自由”的地下抵抗组织。坂本的好友日本籍人西乡有个幸福美满的家庭，两人不仅是工作上的搭档，更是真诚的朋友。
　　一天“朝鲜自由”策动了对井上美术博物馆的袭击。坂本被派往调查此案，却在博物馆里发现了一把来自石器时代的出土于中国哈尔滨的石头“月灵”。坂本认定这是调查的一个关键。在调查期间，他无意中发现了原来日本帝国一直有一个很大的阴谋，这个阴谋更被隐藏了整整有一百年之久。
　　随着调查的深入展开“月灵”的秘密被揭晓，原来它就是通往过去时空的关键，当年井上就是利用它回到了1909年改变了历史。知道了真相的坂本选择了朝鲜自由解放之路，另一方面西乡被告知了真相并必须阻止坂本回到过去，西乡痛苦万分的告别了家人走上了不归之路。
　　两位好友同时出现在了1909年暗杀的那一天……