西元2010年……由于全球范围内的自然灾难，世界发生巨变，陷入混沌之中。
日本政府靠着兴建经济区的形式，成功的完成了部分复兴，在灾难之前开发出的新技术在复兴计划中提供了巨大的贡献……但是该技术很快被统治阶级独占并运用于军事。
2035年，原本隶属统治阶级特殊部队的主人公葛城丈以及同伴鹤泽仁带着一名叫做登户沙那的神秘少女从组织中脱离……在前方等待着三人的，到底是什么呢？